種苗法と商標法はそれぞれ登録制度を有しており、種苗法では人為的変異又は自然的変異に係る特性を固定し又は検定した品種について品種登録が可能とされ、これに対して商標法では、種子類、苗、野菜、果物、農産物の輸送　苗の仕立てなどの商品、役務について商標登録が可能です。法律上、権利の内容（客体）が異なるものの、名称部分で互いに他方の登録との重複した登録をさせないようになっています。

商標法による品種名称の保護
　種苗法による品種登録を受けた品種名称と同一又は類似の商標をその品種登録を受けた種苗と同一又は類似の商品や役務に使用する商標は登録できないことになっており（商標法４条１項１４号）、異議申立理由（商標法４３条の２）でもあり、５年の除斥期間の無効理由（商標法４６条）となります。特に“他人の”とは規定されていないことから、商標登録の出願人と育成者権者が同一でも品種登録を理由に拒絶されることがあります。

種苗法による登録商標の保護
　種苗法では、出願にかかる品種名称について、出願品種の種苗に係る登録商標又は当該種苗と類似の商品やその種苗に係る役務に係る登録商標と同一又は類似のものである場合は、品種登録を受けることが出来ないものとされており（種苗法４条１項２号、３号）、農林水産大臣は、出願品種の名称が登録商標と同一又は類似とされるときは、出願者に対し、相当の期間を指定して、出願品種の名称を登録商標に類似しない名称に変更すべきことを命ずることができます（種苗法１６条）。この名称変更は出願公表後でもその命令を受けることがあります。詳しくは、農林水産省の種苗登録ホームページをご覧ください。出願公表、品種登録については、官報に告示されますが、出願公表後の名称変更についても官報に告示されます。

種苗法と関連する主な商品及び役務
　出願前にクロスサーチが望ましいとされる商品、役務を挙げます。

第29類　豆
第31類　種子類、木、草、芝、苗、苗木、花、牧草、果実、野菜、海そう類、もみ米、麦、そば
第39類　農産物の輸送
第44類　苗の仕立て

以下、種苗法の品種名称についての商標と関連する主な条文を挙げます。

第三条（品種登録要件）　次に掲げる要件を備えた品種の育成（人為的変異又は自然的変異に係る特性を固定し又は検定することをいう。以下同じ。）をした者又はその承継人（以下「育成者」という。）は、その品種についての登録（以下「品種登録」という。）を受けることができる。
　一　品種登録出願前に日本国内又は外国において公然知られた他の品種と特性の全部又は一部によって明確に区別されること。
二　同一の繁殖の段階に属する植物体のすべてが特性の全部において十分に類似していること。
三　繰り返し繁殖させた後においても特性の全部が変化しないこと。
２　品種登録出願又は外国に対する品種登録出願に相当する出願に係る品種につき品種の育成に関する保護が認められた場合には、その品種は、出願時において公然知られた品種に該当するに至ったものとみなす。
第四条（品種登録要件）　品種登録は、品種登録出願に係る品種（以下「出願品種」という。）の名称が次の各号のいずれかに該当する場合には、受けることができない。
　一　一の出願品種につき一でないとき。
　二　出願品種の種苗に係る登録商標又は当該種苗と類似の商品に係る登録商標と同一又は類似のものであるとき。
　三　出願品種の種苗又は当該種苗と類似の商品に関する役務に係る登録商標と同一又は類似のものであるとき。
　四　出願品種に関し誤認を生じ、又はその識別に関し混同を生ずるおそれがあるものであるとき（前二号に掲げる場合を除　く。）。
第五条（品種登録出願）　品種登録を受けようとする者は、農林水産省令で定めるところにより、次に掲げる事項を記載した願書を農林水産大　臣に提出しなければならない。
　一　出願者の氏名又は名称及び住所又は居所
　二 　出願品種の属する農林水産植物の種類
　三　出願品種の名称
　四 　出願品種の育成をした者の氏名及び住所又は居所
　五　前各号に掲げるもののほか、農林水産省令で定める事項
２　前項の願書には、農林水産省令で定めるところにより、農林水産省令で定める事項を記載した説明書及び出願品種の植物体の写真を添付しなければならない。
３ 育成者が二人以上あるときは、これらの者が共同して品種登録出願をしなければならない。
第六条（出願料） 出願者は、一件につき四万七千二百円を超えない範囲内で農林水産省令で定める額の出願料を納付しなければならない。
２　前項の規定は、出願者が国であるときは、適用しない。
３　第一項の出願料は、国と国以外の者が共同して品種登録出願をする場合であって、品種登録により発生することとなる育成者権について持分の定めがあるときは、同項の規定にかかわらず、同項の農林水産省令で定める出願料の額に国以外の者の持分の割合を乗じて得た額とし、国以外の者がその額を納付しなければならない。
４　前項の規定により算定した出願料の額に十円未満の端数があるときは、その端数は、切り捨てる。

第十六条（名称の変更命令）　農林水産大臣は、出願品種の名称が第四条第一項各号のいずれかに該当するときは、出願者に対し、相当の期間を指定して、出願品種の名称を同項各号のいずれにも該当しない名称に変更すべきことを命ずることができる。
第十七条（品種登録出願の拒絶） 農林水産大臣は、品種登録出願が次の各号のいずれかに該当するときは、その品種登録出願について、文書により拒絶しなければならない。
一　その出願品種が、第三条第一項、第四条第二項、第五条第三項、第九条第一項又は第十条の規定により、品種登録をすることができないものであるとき。
二　その出願者が、正当な理由がないのに、第十五条第一項の規定による命令に従わず、同条第二項の規定による現地調査を拒み、又は前条第一項の規定による命令に従わないとき。
２　農林水産大臣は、前項の規定により品種登録出願について拒絶しようとするときは、その出願者に対し、拒絶の理由を通知し、相当の期間を指定して、意見書を提出する機会を与えなければならない。
第十八条（品種登録） 農林水産大臣は、品種登録出願につき前条第一項の規定により拒絶する場合を除き、品種登録をしなければならない。
２　品種登録は、品種登録簿に次に掲げる事項を記載してするものとする。
　一　品種登録の番号及び年月日
　二　品種の属する農林水産植物の種類
　三　品種の名称
　四　品種の特性
　五　育成者権の存続期間
　六　品種登録を受ける者の氏名又は名称及び住所又は居所
　七　前各号に掲げるもののほか、農林水産省令で定める事項
３　農林水産大臣は、第一項の規定による品種登録をしたときは、当該品種登録を受けた者に対しその旨を通知するとともに、農林水産省令で定める事項を公示しなければならない。